科室创建于1898年，源于鼓浪屿医院肺科，隶属于厦门医学院附属第二医院呼吸病医院，距今已有近120年，现设有病床数56张。是省内开展技术项目最多的呼吸疾病诊治平台，在省内享有较大影响力。 科室设置有专家专科门诊、专科病房、肺功能室和呼吸内镜诊疗中心。年门诊量近2万人次，年均收治专科住院患者近1500人次，其中危重抢救近100人次，抢救成功率在95%以上。 科室在临床医疗、教学、科研等方面具有雄厚的技术力量和人才力量，现有医务人员9名，其中医生高级职称6名、中级职称3名，博士1人，硕士7人。承担多项省科技厅、卫生厅及厦门市科技局课题，近年来有近30余篇核心、统计源论文发表，参编专著2部，一项课题获市科学技术三等奖。         近几年来随着医院的发展，科室购置了一流的医疗设备，为呼吸病人的抢救、治疗提供了可靠的保障。国内首批引进、省内唯一的气道超声设备一台；多种规格、多种型号的纤维支气管镜、电子支气管镜10余套；荧光电子支气管镜一套；硬质气管镜一套；可弯曲内科胸腔镜一套；放射性粒子治疗计划系统一套（体内伽玛刀）；德国耶格肺功能检查设备2套；有创和无创呼吸机12台；血气分析仪一台；呼吸睡眠监测设备2套；微波热凝固治疗仪一台以及电刀、氩气刀、冷冻治疗仪、激光治疗仪等各种大型设备近2000万元。 科室重视学科发展和新技术、新业务的开展，先后开展了具有国内先进水平的内科肺减容术治疗慢阻肺，经支气管镜热消融技术治疗难治性哮喘，支气管动脉栓塞治疗大咯血，全麻下大容量肺灌洗治疗尘肺、肺泡蛋白沉积症，无创/有创呼吸机治疗呼吸衰竭、呼吸睡眠疾病，内科胸腔镜下的诊疗技术，气道激发、舒张实验诊断哮喘、慢阻肺、慢性咳嗽，呼吸睡眠监测诊断呼吸睡眠暂停低通气综合征等新技术、新业务。 此外，还承担厦门医学院、福建医科大学、福建中医药大学、江西中医药大学、莆田学院和泉州医高专的临床教学任务，接受省内外医师进修，培养的医学人才遍布全国。近年来多次主办省级学术会议，邀请国内、省内知名专家授课，参加人员来自全国各地，极大地提高了呼吸疾病的诊疗水平。