呼吸病医院的前身是鼓浪屿医院肺科，2017年经厦门市卫计委批准成立的以呼吸系统疾病诊治为特色的“院内院”式专科医院。专业设置由最初的呼吸内科发展为目前的8个病区，床位规模由最初的50张扩大到近350张。配套有专门的检查治疗室：呼吸内镜诊疗部、肺功能室、睡眠呼吸监测室、呼吸治疗室等。开设了普通门诊、专家门诊、专病门诊和多学科诊疗门诊。 呼吸病医院拥有一系列先进仪器设备，包括有创呼吸机和无创呼吸机、多功能监护仪、超声支气管镜、内科胸腔镜、肺功能仪、微波治疗仪、高流量氧疗仪、电磁导航支气管镜、放射性粒子植入计划系统、冷冻治疗仪、高频电刀、氩气刀、医用激光治疗仪、无线多导睡眠监测系统等各种先进仪器设备。       2018年，呼吸病医院与厦门医学院共同成立呼吸疾病研究所，钟南山院士任名誉所长。2019年，陆续与国内一流专家开展合作，成立了“陈荣昌名医工作室”（广州呼吸健康研究院）、“韩宝惠教授呼吸介入与肺癌专家工作室”（上海交通大学附属胸科医院）、“肖越勇教授肿瘤微创治疗专家工作室”（中国人民解放军总医院）、“姜杰教授胸部肿瘤外科专家工作室”等4个名医专家工作室。近5年共获得各类科研课题8项，共发表学术论文近30篇，发明专利3项，科技成果奖2项，主编专著3部。 近年来，呼吸病医院在执行院长柯明耀主任的带领下，全体医务人员在“严谨、求实、勤勉、敬业”的工作氛围中不懈努力、精益求精，学术影响力已经辐射到全省甚至全国。截止目前，在漳州市东山县医院、甘肃省第二人民医院、周口市中心医院、贵州航天医院、山西医科大学附属太钢总医院设立“柯明耀教授专家工作室”。部分诊疗技术已达到省内一流、国内领先的地位，众多外地患者慕名而来，受到了老百姓的广泛赞誉。