厦门呼吸病医院作为厦门医学院附属第二医院的内设专科医院，于2016年7月经市卫健委批准成立，是国内首家以“院内院”形式成立的呼吸专科医院，呼吸病医院也是厦门医学院呼吸疾病研究所的主要组成部分，厦门市慢阻肺分诊中心挂靠单位、厦门市呼吸质控中心主任单位，还是所有肺癌靶向药物、免疫治疗药物的赠药审批单位。呼吸病医院由鼓浪屿医院肺科发展而来，隶属于厦门医学院附属第二医院，以呼吸系统疾病的诊治为特色，近年来呼吸病医院的专业设置由最初的呼吸内科发展为目前的8个病区：呼吸内科一病区、呼吸内科二病区、胸部肿瘤一病区、胸部肿瘤二病区、胸部肿瘤三病区、肿瘤内科病区、呼吸重症监护病区和特需病区，床位规模由最初的50张扩大到近350张。呼吸病医院配套有专门的检查治疗室：呼吸内镜诊疗部、肺功能室、睡眠呼吸监测室、呼吸治疗室等。门诊开设普通门诊、专家门诊、专病门诊和多学科诊疗门诊。 胸部肿瘤二病区作为呼吸病医院的一个病区，拥有一系列先进仪器设备，包括有创呼吸机和无创呼吸机、多功能监护仪、超声支气管镜、内科胸腔镜、肺功能仪、微波治疗仪、高流量氧疗仪、电磁导航支气管镜、放射性粒子植入计划系统、冷冻治疗仪、高频电刀、氩气刀、医用激光治疗仪、无线多导睡眠监测系统等各种先进仪器设备，目前已全部投入使用。 科室在各种呼吸系统疾病诊治，尤其是呼吸介入及呼吸危重症诊治方面具有丰富的临床经验。 胸部肿瘤二病区承担了大量医疗，教学及科研工作，呼吸病医院医务人员培养了严谨、求实、勤勉、敬业、认真，规范的工作作风，形成了团结协作的工作氛围，同时也培养了大批的有志于从事呼吸专业的临床人才，为广大患者提供优质的医疗技术服务。