厦门呼吸病医院作为厦门医学院附属第二医院的内设专科医院，于2016年7月经市卫健委批准成立，是国内首家以“院内院”形式成立的呼吸专科医院，呼吸病医院也是厦门医学院呼吸疾病研究所的主要组成部分，厦门市慢阻肺分诊中心挂靠单位、厦门市呼吸质控中心主任单位，还是所有肺癌靶向药物、免疫治疗药物的赠药审批单位。呼内一科是以呼吸内科为主兼收肺癌、职业病、睡眠呼吸病等的综合病区。 近几年来随着医院的发展，厦门呼吸病医院以呼吸介入及肺部肿瘤诊治为优势亚专科，拥有8个病区、350张床位，除了设有呼吸内科病区、胸部肿瘤病区外，还拥有独立的呼吸重症监护病区、特需病区等。并配有分类比较齐全的咳嗽、肺癌、肺间质病、哮喘、慢阻肺、肺结节等专科诊疗部；拥有国内面积最大的呼吸内镜诊疗中心、设备齐全的肺功能检查室、独立完善的CT介入诊疗室、呼吸治疗室、睡眠呼吸障碍诊断室、肿瘤热疗室等。 呼内一科明年发展规划：继续抓好急慢性呼吸病的诊治，重点是难治性支气管哮喘，开展以奥玛珠单抗治疗的新技术，肺心病心衰的药物治疗，肺间质病的诊断及长期治疗与预防研究，尘肺与合并症的诊断尤其是合并肺结核、真菌的诊断与治疗。